间充质干细胞除了自我更新和多项分化的特性之外，一个突出特性就是免疫调节，西安细胞库即间充质干细胞可以通过分泌生物活性因子的方式和与免疫细胞接触的方式发挥免疫调节作用。体外共培养实验证实，间充质干细胞可以抑制T淋巴细胞的增殖与活化。这首先让临床医师想到间充质干细胞用于防治移植物抗宿主病( graft-- versus- host disease，GVHD)。GVHD是造血干细胞移植或器官移植后出现的一种典型的多系统损害的免疫性疾病，是导致造血干细胞或器官移植失败的主要原因之一。通常使用免疫抑制剂来控制强烈的免疫反应。树突状细胞的活化及向T淋巴细胞提呈抗原是GVHD始动的关键环节，间充质干细胞可通过抑制MHC-Ⅱ类分子及共刺激分子CD1a、CD40、CD80和CD86的表达而抑制树突状细胞的成熟和T淋巴细胞的活化，如果进行造血干细胞移植或器官移植的同时移植了间充质干细胞，就可以预防GVHD的发生。间充质干细胞还能通过抑制树突状细胞分泌TNF-α来调控IFN-γ的产出，进而抑制树突状细胞的促炎性作用。西安细胞库同样间充质干细胞能抑制树突状细胞的T淋巴细胞激活效应，包括T淋巴细胞增殖、CD4T淋巴细胞分化而调节Th/h2之间的平衡。间充质干细胞本身不表达或低表达MHC分子及其共刺激分子，可以免受CTL和NK细胞的攻击。间充质干细胞不仅能直接抑制NK细胞的增殖，而且还可以通过抑制NK细胞的效应分子TNF-α、IFN-γ、IL-10的分泌而降低其细胞毒性，也可以通过PGE2、TGF-B、HLA-G抑制NK细胞毒性及其IFN-γ的释放而调节NK细胞。因此，移植间充质干细胞可用于治疗GVHD。动物实验显示，间充质干细胞与造血干细胞联合移植，可以很好地控制GVHD的发生，重建了机体的造血和免疫功能。不同时间输注间充质干细胞实验显示，早期接受间充质干细胞输注的小鼠GVHD发生率低而生存率显著提高，证实了间充质干细胞抑制GVHD的部分调控机制。西安细胞库但也有动物实验显示间充质干细胞移植不能显著提高模型动物的生存率。很多临床试验显示，造血干细胞联合间充质干细胞移植可以有效降低Ⅱ~Ⅳ度急性GVHD发生率及移植相关死亡率。间充质干细胞移植也可降低慢性GVHD的发生率。但也有研究结果显示间充质干细胞移植虽能促进造血干细胞成活，但未观察到GVHD发生率降低，或者可以减少GVHD发生，但可能增加白血病复发的风险。由于间充质干细胞防治GVHD初步显示了良好的效果，不仅简单易行，而且在一定程度上解决了GVHD这个医学难题，间充质干细胞已被加拿大、韩国、新西兰几个国家批准为儿童急性GVHD的治疗药物。

自身免疫性疾病是对临床上常见的由于免疫系统对自身机体组织发生免疫反应、西安细胞库造成机体免疫功能紊乱为特征的一大类疾病的总称。自身免疫性疾病主要是机体过度免疫反应产生了大量免疫细胞和免疫球蛋白，导致机体全身或局部某些器官损害。间充质干细胞在防治GVHD方面取得的进展，鼓舞了生物医学科学家尝试间充质干细胞治疗自身免疫性疾病的探索，并取得了长足进展。比如，动物研究表明间充质干细胞可以通过重建机体免疫耐受和免疫应答平衡，降低I型糖尿病动物模型的血糖，缓解了临床症状。系统性红斑狼疮是比较常见的一种自身免疫性疾病，国内孙凌云教授课题组开展的间充质干细胞治疗系统性红斑狼疮临床试验显示，异体骨髓或脐带来源的间充质干细胞移植治疗系统性红斑狼疮患者均安全有效，血清白蛋白及补体C3水平移植后显著升高，SLEDAI评分、24小时尿蛋白定量、血清肌酐及尿素氮、血清主要自身抗体显著下降。平均随访27个月的结果显示,94%患者存活，第4年随访完全缓解率为50%，维持缓解长时间为42个月，西安细胞库总体复发率为23%，仅有8%的患者对间充质干细胞治疗无临床反应。

间充质干细胞移植治疗GVHD和系统性红斑狼疮等免疫性疾病显示了良好的应用前景，验证了干细胞治疗策略的可行性及部分作用机制，目前的研究结果至少可以减少免疫抑制剂的用量、一定程度上改善患者的生活质量、提高患者生存率，值得进一步深入研究。