虽然间充质干细胞的归巢以及分化为成熟组织细胞的具体调控机制尚不完全清楚，但是间充质干细胞就像白细胞向炎性组织迁移一样迁移到损伤组织并分化的现象已在很多动物实验中得到证实，这使得间充质干细胞用于组织修复，或者用这些细胞作为生物制剂或基因良好载体开展基因治疗以修正遗传缺陷成为可能西安白血病干细胞存储。

随着研究的不断深入，生物医学科学家们发现间充质干细胞除了上述介绍的增殖分化特性以外，还能通过分泌多种因子改善局部组织微环境或作用于远距离组织甚至全身组织细胞影响免疫等内环境，发挥营养支持、促血管生成、免疫调节等作用。研究证实，间充质干细胞分泌的生物活性物质包括：①生长因子类：如VEGF、FGF、HGF、PDGF、IGF、KGF、TGF、PGF、TGF、NGF等;②白细胞介素类:如I-6、IL-7、I-8、I-11、I-12、I-14、-15等；③集落刺激因子类：如CFU-C、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、SCF、TPO、LF、TPO等；④趋化因子类：如中性粒细胞趋化因子(CIwC-1)、单核细胞趋化因子(MCP)等；⑤干扰素和肿瘤坏死因子类：如FIN-y、TNF-a、TNF-B；⑥神经营养因子类：神经营养因子(BDNF)胶质源性神经营养因子(CDNF)等；⑦酶类：金属蛋白酶、纤溶酶、COX、超氧化物歧化酶等。

间充质干细胞靶向迁移到组织损伤部位，可以分泌多种因子改善局部组织微环境、促进血管、神经或多种组织细胞再生。主要体现在两个方面：①抑制炎性反应，为组织修复提供再生环境：炎性反应是组织损伤后伴随出现的一种病理生理反应，但过强的炎性反应甚至引发连环效应，非常不利于组织的恢复，反而会加重组织应急性损伤，间充质干细胞可以分泌多种因子对抗或抑制损伤局部促炎因子分泌、同时上调抗炎因子的分泌，其结果就是控制过强的炎性反应，为干细胞分化、组织再生提供有利环境。②促进组织再生：间充质干细胞可以分泌VEGF等因子，在细胞的增殖、迁移、载附和细胞外基质形成等血管生成的多个环节促进股骨头坏死等缺血性疾病患者血管的再生。间充质干细胞可以分泌NCF、BDNF等神经营养因子促进局部神经组织功能的恢复。间充质干细胞还可分泌一些列生长因子广泛促进局部组织细胞的生长，特别是刺激内源性干细胞或祖细胞增殖分裂，促进组织细胞新陈代谢，加快组织再生。总之，间充质干细胞发挥营养支持作用，抑制炎症因子表达，西安白血病干细胞存储诱导巨噬细胞迁移至损伤部位，从而减少瘢痕形成，减少组织再生的抑制因素，强化组织再生因素，促进伤组织的恢复。