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UCMSC的分离是指釆用机械、酶消化或组织培养法等获得单细胞悬液，然后通过贴壁培养的方法从中纯化获取间充质干细胞的过程。由于间充质干细胞具有贴壁生长的特性，尤其在塑料培养瓶中生长良好，因此西安干细胞公司可利用简单的塑料培养瓶进行贴壁培养即可去除大部分的杂细胞，获得纯度相对高的 UCMSC。
采集获得的新鲜脐带组织，用生理盐水或平衡液洗涤，必要时用含有青霉素/链霉素的生理盐水或平衡液(双抗)浸泡5~10分钟以便将污染风险降到最低，再用组织均浆器粉碎或眼科剪剪碎或将组织置于液氮中研磨碎(剪碎前通常以机械方式剥离脐带外膜和血管)，然后进行原代分离培养。
原代分离常用的方法有微组织块贴壁培养法、脐带匀浆胶原酶消化法、改良胶原酶消化法等。为去除杂质，通过匀浆或酶消化后的细胞悬液，一般应采用100目的滤网进行过滤后再用于分离培养。间充质干细胞的纯化主要采用贴壁传代培养、差速贴壁、流式细胞分离术、免疫磁珠分离法等方法，可获得纯度大于99%的相对均一的间充质干细胞。
为了获得合格的 UCMSC，西安干细胞公司必须在合格的操作环境(如细胞工程实验室百级操作台)下使用合格的细胞制备用品(如无菌的培养液、无毒的细胞培养瓶等)，由具备细胞制备技术操作技能的工作人员严格按照细胞分离扩增操作规范进行。因此，分离扩增 UCMSC必须从源头开始建立质量标准和技术规范。
