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UCMSC质量控制的第一个重点就是排除微生物污染。无论 UCMSC仅用于实验研究，还是作为生物制剂用于临床治疗，排除微生物污染都是最基本的要求，是 UCMSC产品质量控制的第一要素。因为一旦 UCMSC被微生物污染，一方面预示着 UCMSC不能被继续培养、只能被迫终止实验，另一方面相当于 UCMSC中混入了微生物这些“有害物质”，微生物本身及其代谢或分泌的诸多有害产物直接破坏了细胞纯度、活性等细胞质量，如果西安脐带干细胞存储用于动物实验将直接危害实验动物的生命，更不用说用于临床试验了。
换句话说，如果制备的UCMSC活性差点，可以算是次品，如果制备的 UCMSC被微生物污染了，只能算是废品。微生物的种类繁多，千差万别，有些还具有致病性，对于一种活细胞样本来讲，目前的技术手段还难以一次性排除所有微生物，甚至还有未知病原微生物难以判定。检验和排除 UCMSC的所有病原微生物，首先要从材料来源着手，检测和选择不携带病原微生物的材料或试剂用于分离培养或冻存细胞，其次西安脐带干细胞存储是对制备过程中的中间产物和终产品进行病原检测，排除操作过程的污染可能及原材料中未检测出的病原微生物。
